جينات تقع في أجزاء مختلفة من الكروموسومات ومسؤولة عن ترميز بروتينات مختلفة. على عكس الجينات الأليلية، فهي ليست متغيرات مزدوجة من نفس الجين، بل هي وحدات جينية مختلفة تماما. هناك عدة أشكال من التفاعل بين الجينات غير الأليلية:
1) التكامل (إضافة جين بجين آخر)،
2) الإبستاسيس (كبت عمل جين بواسطة جين
)، 3) البلمرة (التأثير التجريمي لعدة جينات على صفة واحدة)، و4
) التكاثر المتعدد (تأثير جين واحد على عدة صفات).