نظام مرجعي يحدد هذه العملية المعقدة، مما يضمن دقتها وفعاليتها في تحديد طبيعة التطور العصبي النفسي للطفل. يستند هذا التشخيص، أولا إلى مبدأ التعقيد، الذي يعني دراسة جميع جوانب الوظائف العصبية النفسية، بما في ذلك الوظائف المعرفية والحسية والحركية والعاطفية والاجتماعية النفسية، من أجل تكوين صورة شاملة لحالة الطفل، وليس جانبا واحدا فقط. كما أنه يعتمد على مبدأ الفردية، الذي يأخذ في الاعتبار الفروق الطبيعية بين الأطفال في العمر والقدرات والتجارب والصفات الشخصية، حيث أن لكل طفل مسار نمو فريد. كما أنه يعتمد على مبدأ الديناميكية والتطور، حيث ينظر إلى التشخيص على أنه عملية مستمرة تتبع التغيرات في وظائف الطفل مع مرور الوقت، وليس كتقييم ثابت لمرة واحدة. مبدأ أساسي آخر هو العلاقة بين الوظيفة والبيئة، والتي تؤكد على ضرورة فهم القدرات والسلوكيات العصبية في سياق البيئة والتفاعل الاجتماعي، أي كيفية استخدام الطفل لإمكاناته في الحياة اليومية وفي التفاعل مع الآخرين. وأخيرا، يعتمد التشخيص على الموضوعية العلمية، التي تتطلب استخدام أدوات واختبارات موحدة وموثوقة، بالإضافة إلى الالتزام بمعايير علمية صارمة لضمان سلامة وصحة النتائج. تشكل هذه المبادئ الأساس الأساسي الذي يجعل التشخيص العصبي النفسي للأطفال وسيلة دقيقة لفهم التطور وتحديد التدخلات العلاجية والتعليمية.